Er is enige onduidelijkheid over waar poffertjes oorspronkelijk vandaan komen. Een theorie suggereert dat ze zijn ontstaan in een Nederlands klooster tijdens de Franse Revolutie. Volgens deze legende dienden de poffertjes als hostie. Daarnaast wordt aangegeven dat de naam “poffertjes” voor het eerst werd aangetroffen in het dagboek van Jan van Riebeeck.
Echter, een andere versie plaatst de oorsprong van de poffertjes in Frankrijk. Het verhaal vertelt dat ze aan het einde van de 18e eeuw werden gemaakt in een klooster waar ook hosties voor de kerk werden gemaakt. Het onbetwiste feit blijft wel dat poffertjes, net als pannenkoeken, traditioneel gemaakt worden van tarwebloem en boekweitmeel, met een rijsmiddel in het beslag.
Ondanks de onduidelijkheid blijven poffertjes een geliefde lekkernij in zowel Nederland als daarbuiten.