Het riviertje dat door Alphen aan de Rijn stroomt, is de Aar. De Aar is een Zuid-Hollands riviertje dat ontspringt in de Jacobswoudepolder, door Ter Aar, Langeraar en Alphen aan den Rijn stroomt en daar in de Oude Rijn uitmondt. De Aar is ongeveer 25 kilometer lang en heeft een gemiddelde breedte van 10 meter.
In het centrum van Alphen aan de Rijn is de Aar deels gekanaliseerd. De rivier stroomt hier langs enkele winkelstraten en kruist de Zegerplas. De Aar is een belangrijke recreatieve verbinding in Alphen aan de Rijn. Er zijn diverse mogelijkheden om te varen, vissen en zwemmen.
De Aar is een veenriviertje dat in de Romeinse tijd een belangrijke rol speelde in de handel en transport. In de 17e eeuw werd de rivier gekanaliseerd om de wateroverlast te verminderen.